بنای قبلی حرم مطهر با قدمت حدود  700 سال، از جنس خشت و گل با پوشش داخلی گچی و نمای سنگی و آجری، نشان از میراث با ارزش گذشته داشته و اکنون جای خود را به بنایی با پلان معماری مربع شکل و متقارن و گنبدی مدور و دوپوش با پوششی نقره ای رنگ داده است که حدود 400 متر مربع مساحت دارد . فضای داخلی آن با معماری زیبا و دلنشین خود، شامل آینه کاری و کاشی کاری های رنگارنگی می شود که محیط روح نوازی را برای زیارت، نیایش و آرامش زائران این سلاله مظلوم اهل بیت (ع) پدید آورده است. ضریح فلزی این بقعه نیز با لوح زیبایی از زیارت نامه حضرت رقیه خاتون ، اثر هنرمند محبوب نطنزی، عباس دهقانیان مزین گردیده است.

محوطه بیرونی امامزاده با توجه به وجود باغات اطراف آن علاوه بر فضای معنوی و زیارتی از محیط گردشگری نیز برخوردار است همچنین  بهترین مکان برای  نظاره سیمای شهر محسوب می گردد و طبیعت کوهستانی باغشهر تاریخی نطنز را به رخ بازدیدکنندگان می‌كشاند.

  دامنه كوه‌های امامزاده رقیه خاتون از صبح تا غروب پذیرای خورشید است .  نسیم فرح بخش صبحگاهی و شامگاهی هم با وزش دلنواز خود ، جان زائران و گردشگران را تازه می كند.

  با توجه به برگزاری دعای ندبه در این بقعه متبرکه  و پخش این مراسم از طریق شبکه سراسری سیما  گامهای خوبی در جهت معرفی آن برداشته شده و بسیاری از گردشگران مذهبی از تهران ، اصفهان  و دیگر شهرها علاقه‌مند به زیارت این آستان مقدس شده اند .