این مکان در اصل کاروانسرا بوده که در نزد مردم منطقه به قلعه معروف شده و این کاروانسرا هنوز اسکلت اصلی خود را حفظ کرده و تا ابتدای دوره پهلوی مورد استفاده کاروانیان قرار گرفته است.

سرپرست اداره میراث فرهنگی نطنز در گفت‌وگو با خبرنگار تسنیم، پیرامون این بنا اظهار کرد: موقعیت فوق‌العاده جغرافیایی این کاروانسرا از جمله قرارگرفتن در کنار باغات و چشمه آبی بزرگ در جلو آن و قرار گرفتن در عرض جغرافیایی گنبد باز از ویژگی‌های منحصر به فرد آن است.

حسین یزدانمهر افزود: این بنا در دوره شاه عباس اول توسط میرابولمعالی برزرودی از امرای مقرب دربار، مشهور به آقا میر که سمت وزیر حضور و مجلس نویسی شاه را داشته، بنا شده است.

وی گفت: این بنا مستطیل و دارای مساحتی حدود ۳۹۶۲متر مربع و دارای  ۲۳ اطاق بوده که در ۴ سمت حیاط قرار دارند.

سرپرست اداره میراث فرهنگی نطنز خاطرنشان کرد: کاروانسرای میر ابوالمعالی متشکل از ایوان‌های ۴ گانه بوده که شاید هر کدام از ایوان‌ها متعلق به اشخاص بزرگ و اعیان و اشرافی بوده که به هنگام مسافرت به این کاروانسرا وارد می‌شده‌اند.

به گزارش تسنیم، در ۴ گوشه حیاط دالانی مسقف که طرفین آن تخت‌گاه منتهی به غرفه‌های کوچک بوده که این دالان‌ها بعد از طی فاصله تقریبی ۱۰ متر، ۲ شعبه شده و به سمت چپ و راست امتداد یافته و به دیوار اطاق‌های پشت ایوان‌های بزرگ پایان می‌یابد.

این کاروانسرا دارای مکان‌هایی برای بارها و چهارپایان نیز بوده و میله‌های سنگی مخصوصی برای بستن ستوران در آن وجود داشته است.

وسعت این کاروانسرا نشان از آن دارد که کاروانیان زیادی در این کاروانسرا رفت‌وآمد داشته‌اند و روزگار پرباری را پشت سر نهاده است.

همچنین سنگ عصارخانه بزرگی در داخل کاروانسرا وجود دارد که نشان از وجود عصارخانه در این محل به منظور تهیه روغن برای تامین روشنایی کاروانیان درشب دارد.

حتی احتمال وجود استخری در کاروانسرا نیز در وسط حیات بوده که آب کاروانیان را تامین می‌کرده و چه بسا چشمه‌ای از آن عبور می‌کرده است.

در ورودی دارای سردر مرتفعی بوده که در وسط آن در چوبی قطوری قراردارد و احتمالا درب اصلی کاروانسرا یک لنگه بوده است.

بر پیشانی جلو کاروانسرا سنگ نوشته‌ای به خط ثلث وجود دارد که حدود نصف آن ریخته و مفقود شده و با توجه به نوشته روی این سنگ، مشخص می‌شود که علاءالملک نامی که احتمالا حاکم نطنز بوده به هزینه میر ابوالمعالی این بنا را در سال ۱۰۲۹ هجری قمری به پایان رسانده است.

راه پله‌های پشت بام در ۲ طرف درب ورودی اطاق نگهبانی قرار دارد و بالای سردرب ورودی اطاق نگهبان‌ها قرار گرفته است.

ماکسیم سیرو، در کتاب کاروانسراهای ایران در مورد این کاروانسرا نوشته که یک سیاح خارجی در زمان شاه صفی به نام اولئاریوس در این کاروانسرا در ماه ژوئیه۱۳۶۷ اقامت کرده است.

در ساخت این کاروانسرا قرینه سازی کاملا رعایت گردیده است و مجموع ساختمان با دقت زیاد و مصالح عالی بنا شده و طرح طاق‌ها نیز نشان از مهارت فوق العاده معماران این بنا دارد.

این کاروانسرا در طول سالیان گذشته بارها مورد مرمت قرار گرفته است و متعلق به دوره صفوی بوده و به شماره ۱۴۸۹ مورخ ۱۳۵۵٫۱۰٫۲۰ در فهرست آثار ملی به ثبت رسیده است.