در تقسیمات رسمی کشوری، شهرستان نطنز در حال حاضر دارای دو بخش مرکزی و بخش امامزاده، چهار شهر نطنز، طرق رود، بادرود و خالد آباد و پنج دهستان به نام‌های کرکس، طرقرود، برزرود، امامزاده و خالدآباد می‌باشد.